处理完了莫卧儿的事情，朱由渠便带着第一军团和第四军团近二十万大军返回大明，只让第四军团留下一个师驻守伊利，而第五军团也开始经缅甸前往广东。
当大军到达吐鲁番时，朱由渠惊奇的发现，水泥路已经修到了这里，这让他回去的路顺畅了不少。因此，只用了一个月时间，大军便到达了兰州。而传唤李定国来西安见驾的诏书，也已经到达了李定国的手里。随后李定国将诏书递给了一旁的陈玄礼，陈玄礼看完诏书后笑道：“看在陛下的疑心病又犯了。当年我在沈阳时，陛下也怀疑过我。不然，他不会带三个军团北伐的。定北侯不必担心，可直接前往。”然而一旁的参谋长薛庶却有不同的看法：“定北侯，自古以来君疑臣，则臣必死。若是您直接去西安，恐怕凶多吉少啊。我不是鼓动您反叛，但还是应该保证安全才行啊。”李定国思虑片刻道：“如今我手握十五万大军，除了西北，我几乎掌握着整个大明，我若是陛下我也会起疑的。陛下我是了解的，他不会像太祖那样杀功臣的。所以，为了打消陛下的顾虑，我准备亲自前往西安。同时通知师长及以上的军官，明日随本将一起前往西安。玄礼，你一会去告诉孙阁老，我们走后，让他派一些信的过的文官前往军营接管军队。只需要保持军队稳定，不要发号施令。”“喏！”次日一早，李定国便带着一众将领出发了。很多人都对李定国的这一做法的正确性表示怀疑，因为他们都觉得这次去了西安，定北侯的军权一定会被一撸到底。
经过大半个月的急行，李定国一行到达了西安，但此时朱由渠的还在眉县。但朱由渠的口谕却到了，让他在西安等着。两天后，朱由渠的大军才到达西安，李定国领着一众将领和西安府的官员们一起出城二十里接驾。来到近前李定国笑盈盈的上前行礼道：“臣参见陛下。”朱由渠赶紧跳下马，将他扶了起来。随后对李定国夸赞道：“定国啊，你这次兵不血刃平定叛乱，可是为大明立了大功啊，朕一定要好好嘉奖你呀。”李定国再次行礼道：“为陛下效力，是臣的本分，况且臣的微功，与西征的将士们比起来不值一提，怎敢受陛下如此褒奖。”“将军过谦了，有功就要赏，这是我们永武朝的规矩。李岩先生曾对朕说过，两次叛乱都是你解决的，你就是我大明的定海神针。李定国。”“末将在。”朕加封你为定国公。”听完朱由渠的册封李定国赶紧双膝跪地，高呼道：“谢陛下，吾皇万岁，万岁，万万岁。”朱由渠再次扶起李定国：“希望将军永远为大明震慑宵小，保我华夏安宁昌盛。”“喏！”“好了，今天朕很高兴，今晚朕要在西安城，为西征凯旋的将士庆功。”当天夜里，整个西安城热闹非凡，所有的西征将士们都得到了相应的封赏。田见秀被加封关内侯，坐镇陕西。岳鹏飞被加封镇国公，驻守南直隶，李岩加封安国公，其余大小将领一一升迁。
在西安待了两天后，朱由渠便带着第一军团往南京而去。进入南直隶后，被战争破坏的残垣断壁已经看不到了，取而代之的是战后重建的工地，各种各样的工厂，又开始拔地而起了，被毁的水泥路已经修补完毕。同时从南京往成都，南京往西安的铁路也在建设中，到处又是一片欣欣向荣的景象。这让朱由渠的心里有了一丝慰籍，看来孙焕之确实付出了不少的心血啊。在进南京城前，李定国便带着第二军团的人马回北京了。进城后，朱由渠并没有去处理那些反叛的人，而是直接回了乾清宫，就连好久不见得宋书宁和阮欣玥求见他也不见。而此时的秦昀姝也是如坐针毡，她知道陛下回来了，肯定要对炬儿和熠儿做出处置。可谋反这样的大罪，又岂是能轻易过去的。她决定在朱由渠做出处置之前去为两个孩子求求情，至少要保住性命才行。于是她来到乾清宫求见朱由渠，可王进只带出一句话：“走了这么远的路，都累了，回去休息吧。”秦昀姝知道朱由渠在生气，于是她便跪在乾清宫门外等朱由渠出来，因为过了今天很可能就无力回天了，所以今天晚上她必须保下两个孩子的命。见秦昀姝一直跪在那里，王进进去通报了三次，朱由渠依旧不见她。
次日一早，朱由渠醒来后，王进赶紧跑进去禀报道：“陛下，姝妃娘娘昨夜在门外跪了一夜，您要不还是见见她吧。”一听说秦昀姝跪了一夜，朱由渠瞬间心疼不已，他知道秦昀姝要干什么，但这么大的事，必须要向天下有个交代，这也是他不见秦昀姝的原因。可现在自己最心爱的女人在外面受苦，他确实有些不忍心。于是对王进道：“让她进来吧。”“喏！”片刻后，秦昀姝走进了乾清宫，憔悴的脸上，曾经那双放着自信光芒眼睛，如今只有空洞无助。朱由渠随即将目光移向了别处，随后道：“你别说了，这次谁都救不了他们。”秦昀姝没有说话，只是双膝跪地向朱由渠深深地拜了下去，然后轻声道：“臣妾不求陛下宽恕，只求陛下饶两个孩子一命，那怕将他们废为庶人。如果必须要人死，就请陛下处死臣妾吧，是我这个当母亲的没有教好他们，才让他们铸成大错。”听完秦昀姝的话，朱由渠心里瞬间心里轻松了许多。他本以为秦昀姝要为整个秦氏族人求情，那可就不好办了。可如今他只打算给两个孩子求情，这就没什么了。本来自己也没打算把那俩小子怎么样的，骂一顿也就行了。毕竟是自己的儿子，有再大的错，当爹的不都得兜着嘛。再说了，自己的孩子都是好孩子，全是那帮该死的大臣和外戚怂恿。想到这里，朱由渠依旧假装不悦道：“起来吧，别跪着了。”秦昀姝没有动，依旧跪着，朱由渠没有好道：“怎么，你要抗旨？”秦昀姝直起身子看着朱由渠，眼里透着一丝坚定道：“陛下不答应臣妾，臣妾就抗旨了。”“你…你说你现在怎么也跟思怡一个德性了？”见秦昀姝没有动，朱由渠只好无奈道：“好好好，那俩小子能有你这么个娘，真是他们的造化。不过这次他们的搂着捅的不小，朕还是要加以惩戒的，不然没法向天下交代。”秦昀姝还是没动，只是直勾勾的盯着朱由渠道：“陛下别糊弄臣妾，臣妾要陛下亲口承诺，饶两个孩子一命。”“你说你怎么这么轴啊，行行行，朕不会杀他俩的。所谓虎毒还不食子了，那也是朕的儿子，朕怎么会杀他们了？不过，其他人嘛，朕希望你不要再管了。”一听朱由渠已经亲口承诺，秦昀姝瞬间露出了笑容，眼里又有了光，然后拿过一旁的衣服来到跟前：“臣妾伺候陛下更衣吧，后宫不得干政，臣妾只关心自己的儿子。”朱由渠白了他一眼心想：“秦家怎么摊上你这么个没心没肺的娘娘了，也算他们倒霉。”